《第四只眼》围绕清明市公安局警务督察队队长李文海的工作与生活展开，聚焦公安系统内部监督与执法规范的核心主题。李文海主持警风警纪电视直播检查，却因流花区公安分局局长刘彦彬遇袭中断。刘彦彬遭不明身份者枪击，司机牺牲，自身重伤，案件由市局郑紫光局长牵头，刑侦支队负责，李文海全程督办。调查中，李文海发现诸多疑点，如刘彦彬腿有旧伤却事发时在驾驶位。同时，警风警纪检查暴露诸多问题，庄明理副局长司机非公务出车、酒后驾车，李文海依规处理并追究相关责任。后续，清明市接连发生多起事件：幸福小区三岁女孩王甜因母亲被拘留、民警失职活活饿死；广门戒毒所存在非法拘押、贩毒等违法行径；文涌县交警支队乱罚款、非法扣人。李文海带领督察队成员韩非儿、林永刚等深入调查，面对阻力坚持依法办事。期间，还穿插了刘彦彬与妻子吴洁如的情感纠葛、医生王克理的经历、犯罪分子施贵保与金得意的不法活动等支线。最终，李文海等人克服重重困难，查处多起违法违纪案件，维护了公安队伍的纪律与法律的尊严，展现了警务督察在规范执法、维护正义中的重要作用。